In de brons- en ijzertijd vestigden zich de eerste mensen aan de oevers van de Durme (de vroegste vondsten dateren van ca. 2000 jaar voor Chr.) Tijdens de Gallo-Romeinse periode ontstond een belangrijk handelscentrum niet ver van de huidige dorpskern, de 'Vicus Pontrave'.
Uit de Frankische en Merovingische tijd zijn weinig cultuursporen overgebleven, nochthans hebben de woonkernen van Waasmunster, Sombeke en Sint-Anna de typische driehoekige 'dries'-structuur.

Tijdens de vroege middeleeuwen, omstreeks het jaar 800, voltrok zich ten tijde van Karel de Grote de eerste kerstening van het Waasland.
De vroege aanwezigheid van een kloostergemeenschap is dan ook de ethymologische verklaring van de naam van de gemeente (Wasiae - Monasterium). Als gevolg van deze pioniersrol was Waasmunster, samen met Beveren, Rupelmonde en Temse één van de vier kerkelijke centra van het Waasland. Op verzoek van de Doornikse bisschop Walter de Marvis stichtten enkele zusters van het klooster 'Les Prez-Prochins' in 1237-1238 op een plaats langs de rivier de Durme die toponymisch 'Hoogdonck' genoemd werd, de eerste abdij van Roosenberg (Monte Rosarium).

Op burgerlijk vlak vervulde Waasmunster als één van de negentien keurdorpen van het Waasland zijn rol als administratief centrum onder het rechtstreeks gezag van de graaf van Vlaanderen. Bovendien bevonden er zich op het grondgebied een twintigtal heerlijkheden en lenen die afzonderlijk werden bestuurd, zoals Pontrave (1165), Ten Reyen (1311), Van Roden (1420) en Sombeke (1418).
Met de Franse bezetting kwam er definitief een einde aan dit feodaal stelsel van de middeleeuwen en Waasmunster werd ingedeeld bij het arrondissement Dendermonde.

Tijdens de negentiende eeuw verloor Waasmunster aan belang en de industriële revolutie ging ook aan deze gemeente voorbij, zodat ze haar landelijk karakter behield.
Tijdens de tweede helft van de twintigste eeuw en met de aanleg van de autoweg E 17, gingen de mensen met meer vrije tijd rust en ontspanning zoeken en werd Waasmunster een residentiële woon-gemeente met tal van horecazaken die zich op de ontspanning en rust zoekende toerist gingen toeleggen.